在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥（基努·里维斯饰）发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事。而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）， 也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰）的指引下，两人见面了，尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵，这才了解到，原来他一直活在虚拟世界当中